அனைத்து ஆவணங்களையும் பரிசீலித்த பின்னரே, புதிய தலைமைச் செயலக கட்டடம் கட்டியதில் நடைபெற்ற முறைகேடு குறித்து விசாரணை நடத்த, லஞ்ச ஒழிப்புத் துறை போலீஸாருக்கு உத்தரவிடப்பட்டது என தமிழக அரசு சார்பில் உயர்நீதிமன்றத்தில் வாதிடப்பட்டது.
 புதிய தலைமைச் செயலகம் கட்டியதில் நடந்த முறைகேடுகள் குறித்து விசாரித்த ரகுபதி ஆணையம், மறைந்த முன்னாள் முதல்வர் கருணாநிதி மற்றும் முன்னாள் துணை முதல்வர் மு.க.ஸ்டாலின், முன்னாள் அமைச்சர் துரைமுருகன் ஆகியோருக்கு சம்மன் அனுப்பியது. இதை ரத்து செய்யக் கோரி வழக்கு தொடரப்பட்டது. இந்த நிலையில், இதுகுறித்து லஞ்ச ஒழிப்புத் துறை விசாரணைக்கு உத்தரவிட்டு தமிழக அரசு அரசாணை பிறப்பித்தது.
 இதை எதிர்த்து திமுக தலைவர் மு.க.ஸ்டாலின், பொருளாளர் துரைமுருகன் சார்பில் உயர்நீதிமன்றத்தில் மேல்முறையீட்டு மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது. இந்த வழக்கை விசாரித்த உயர்நீதிமன்றம், புதிய தலைமைச் செயலக முறைகேடு தொடர்பான லஞ்ச ஒழிப்புத்துறை விசாரணைக்கு இடைக்கால தடை விதித்து உத்தரவிட்டிருந்தது.
 இந்த வழக்கு நீதிபதி புஷ்பா சத்தியநாராயணா முன் விசாரணைக்கு வந்தது. அப்போது மனுதாரர் சார்பில் ஆஜரான மூத்த வழக்குரைஞர் பி.வில்சன், "நீதிபதி ஆர்.ரகுபதி ஆணையத்திடம் இருந்து பெறப்பட்ட ஆவணங்களை, தமிழக அரசு சட்டப்பேரவையில் வைத்து பரிசீலித்து, அதன் பின்னர்தான் போலீஸ் விசாரணைக்கு உத்தரவிடுவது குறித்து முடிவெடுக்க முடியும். ஆனால், இந்த நடைமுறை மேற்கொள்ளப்படவில்லை. எனவே, இந்த அரசாணையை ரத்து செய்யவேண்டும்' என வாதிட்டார்.
 அப்போது அரசு தரப்பில் ஆஜரான மாநிலத் தலைமை அரசு குற்றவியல் வழக்குரைஞர் ஏ.நடராஜன், "அனைத்து ஆவணங்களையும் முறையாக பரிசீலித்த பின்னரே, லஞ்ச ஒழிப்புத் துறை போலீஸாரின் விசாரணைக்கு தமிழக அரசு உத்தரவிட்டது. உயர்நீதிமன்ற உத்தரவின்படி தான் இந்த அரசாணையை தமிழக அரசு பிறப்பித்துள்ளது' என வாதிட்டார்.
 இதனையடுத்து வழக்கை விசாரித்த நீதிபதி விசாரணையை செவ்வாய்க்கிழமைக்கு ஒத்திவைத்து உத்தரவிட்டார்.