பச்சையப்பன் கல்லூரி முதல்வர் நியமனத்தில் நடந்த முறைகேடுகள் தொடர்பாக இடைக்கால நிர்வாகி புகார் அளிக்க வேண்டுமென்ற தனிநீதிபதியின் உத்தரவுக்கு இடைக்கால தடை விதித்து உயர்நீதிமன்றம் உத்தரவிட்டுள்ளது. 
சென்னை உயர்நீதிமன்றத்தில் ஆர்.நந்தினி உள்ளிட்ட பலர் தாக்கல் செய்த மனுவில், பச்சையப்பன் கல்லூரி முதல்வராக என்.சேட்டு என்பவர் நியமிக்கப்பட்டார். இவரது நியமனம் பல்கலைக்கழக மானியக்குழுவின் ஒழுங்குமுறை விதிகளையும், தமிழ்நாடு தனியார் கல்லூரி ஒழுங்குமுறை விதிகளையும் பின்பற்றாமல் நடைபெற்றுள்ளது. எனவே அவரது நியமனத்தை ரத்து செய்ய வேண்டும் எனக் கோரியிருந்தனர். 
இந்த வழக்கை விசாரித்த உயர்நீதிமன்ற தனிநீதிபதி எஸ்.எம்.சுப்பிரமணியம், பச்சையப்பன் கல்லூரி முதல்வராக என்.சேட்டு நியமிக்கப்பட்டதை ரத்து செய்து உத்தரவிட்டார். 
மேலும் முதல்வர் தேர்வு நடவடிக்கைகளில் லஞ்சம் கோரியதாக மனுதாரர்கள் தரப்பில் புகார் கூறுவதால், இந்த விவகாரம் தொடர்பாக பச்சையப்பா அறக்கட்டளையின் இடைக்கால நிர்வாகியான உயர்நீதிமன்ற ஓய்வுபெற்ற நீதிபதி ஆர்.சண்முகம் லஞ்ச ஒழிப்புத்துறை போலீஸாரிடம் புகார் அளிக்க வேண்டும் என அண்மையில் உத்தரவிட்டிருந்தார். 
தனிநீதிபதியின் இந்த உத்தரவை எதிர்த்து என்.சேட்டு உள்ளிட்ட பலர் மேல்முறையீட்டு மனு தாக்கல் செய்தனர். இந்த மேல்முறையீட்டு வழக்கு நீதிபதிகள் கே.கே.சசிதரன் மற்றும் ஆர்.எம்.டி.டீக்காராமன் ஆகியோர் அடங்கிய அமர்வு முன் செவ்வாய்க்கிழமை விசாரணைக்கு வந்தது. வழக்கை விசாரித்த நீதிபதிகள் பிறப்பித்த உத்தரவில், முதல்வரான என்.சேட்டுவின் நியமனத்தை ரத்து செய்த தனிநீதிபதியின் உத்தரவுக்கு தடை விதிக்க முடியாது. அதே நேரம் லஞ்ச ஒழிப்புத்துறை போலீஸாரிடம் அறக்கட்டளையின் இடைக்கால நிர்வாகி புகார் அளிக்க வேண்டும் என்ற உத்தரவுக்கு இடைக்கால தடை விதித்து உத்தரவிட்டு, வழக்கின் விசாரணையை வரும் ஜூன் 17-ஆம் தேதிக்கு ஒத்திவைத்தனர்.