மாற்றுத் திறனாளிகள் உரிமைச் சட்டத்துக்கு உட்பட்ட குற்றங்களை விசாரிக்க சிறப்பு நீதிமன்றங்கள் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. இதற்கான உத்தரவை மாற்றுத் திறனாளிகள் நல ஆணையரகம் பிறப்பித்துள்ளது.  அந்த உத்தரவில் கூறப்பட்டுள்ளதாவது: மாற்றுத் திறனாளிகளுக்கான உரிமைகள் சட்டம் 2016-இன் படி, தொடரப்படும் குற்றங்களை விசாரிக்க சிறப்பு நீதிமன்றங்கள் உருவாக்கப்படுகின்றன. அதன்படி, சென்னையில் மாநகர உரிமையியல் நீதிமன்ற முதன்மை நீதிபதியும், தமிழகத்தின் மாவட்டங்களில் உள்ள முதன்மை நீதிமன்றம் அல்லது மாவட்ட நீதிமன்றங்கள் சிறப்பு நீதிமன்றங்களாகச் செயல்படும்.

சென்னையில் மாநகர உரிமையியல் நீதிமன்ற நீதிபதியும், இதர மாவட்டங்களில் மாவட்ட முதன்மை நீதிபதி அல்லது மாவட்ட நீதிபதி ஆகியோர் சிறப்பு நீதிமன்றங்களுக்கு நீதிபதிகளாகச் செயல்படுவர். இப்போது மனித உரிமைகள் தொடர்பான வழக்குகளில் ஆஜராகி வாதாடும் அரசு தரப்பு சிறப்பு வழக்குரைஞர்களே கூடுதலாக மாற்றுத் திறனாளிகளுக்கான உரிமைகள் சட்டத்தின் கீழ் வரும் வழக்குகளையும் விசாரிப்பார்கள்.