முல்லைப் பெரியாற்றின் குறுக்கே புதிய அணை கட்டுவது தொடர்பான விவகாரத்தில் கேரள அரசு, மத்திய அரசுக்கு எதிராக உச்சநீதிமன்றத்தில் தமிழக அரசு நீதிமன்ற அவமதிப்பு வழக்கு தொடுத்துள்ளது. 
முல்லைப் பெரியாறு அணையிலிருந்து 366 மீட்டர் கீழே புதிய அணை கட்ட கேரள அரசு திட்டமிட்டுள்ளது. 
இந்த அணையை கட்டுவதற்காக சுற்றுச்சூழல் தாக்க மதிப்பீட்டு ஆய்வை மேற்கொள்ள கேரள அரசு மத்திய சுற்றுச்சூழல் அமைச்சகத்திடம் அனுமதி கோரியிருந்தது.
இதற்கு கடந்த ஆண்டு செப்டம்பர் 27-ஆம் தேதி நிபுணர் குழு அனுமதி வழங்கியது. இந்நிலையில், இந்த விவகாரத்தில் மத்திய சுற்றுச்சூழல் அமைச்சகத்தின் செயலர் சி.கே. மிஸ்ரா, அமைச்சகத்தின் (நிபுணர் மதிப்பீட்டுக் குழு) செயலர் - உறுப்பினர் எஸ். கெர்கெட்டா, கேரள தலைமைச் செயலர் டோம் ஜோஸ், கேரள அரசின் தலைமைப் பொறியாளர் கே.எச். ஷம்சுதீன் உள்ளிட்டோருக்கு எதிராக தமிழக அரசு நீதிமன்ற அவமதிப்பு வழக்கை உச்சநீதிமன்றத்தில் வெள்ளிக்கிழமை தாக்கல் செய்துள்ளது. 
அதில், "2014-ஆம் ஆண்டு, மே 7-ஆம் தேதியன்று உச்சநீதிமன்றம் பிறப்பித்த தீர்ப்பை அவமதிக்கும் வகையில் இந்த அனுமதி அளிக்கப்பட்டுள்ளது. எனவே, அணையை கட்டுவதற்காக சுற்றுச்சூழல் தாக்க மதிப்பீட்டு ஆய்வை மேற்கொள்ள அளிக்கப்பட்ட அனுமதிக் கடிதத்தை திரும்பப்பெற உத்தரவிட வேண்டும். 
இந்த வழக்கு விசாரணை முடியும் வரை, எவ்வித பணிகளையும் மேற்கொள்ளாமல் இருக்குமாறு தடை விதிக்க வேண்டும்' எனத் தெரிவிக்கப்பட்டுள்ளது. இந்த நீதிமன்ற அவமதிப்பு வழக்கு தமிழக பொதுப் பணித் துறை முதன்மைச் செயலர் எஸ்.கே. பிரபாகர் சார்பில் தாக்கல் செய்யப்பட்டுள்ளது.